По данным районного архива деревня Нащёково появилась в 1831 году, в виде охотничьей заимки, а в 1890 году здесь купили земли братья Виктор и Алексей Сваровские. Название родилось от клички «Однощёкий», так звали одного из большого рода Сваровских. Был он рыбак и охотник, как большинство из сибиряков. Однажды в лесу медведь ударил его лапой по лицу. Рана со временем затянулась, но щека осталась навсегда покалеченной. Сначала его заимку назвали Однощёковой, затем для легкости произношения слово сократилось.

Деревня в годы становления советской власти была не маленькой. По переписи 1926 года, здесь стояло 58 дворов, в которых проживало 243 человека. Самыми богатыми были дворы Сваровских. В 1930 году в деревне образовался колхоз имени Ворошилова. В 1959 году в Нащеково образовалась База концентрации и откорма скота. Через три года она получила название Шегарский откормсовхоз Томского треста «Скотооткорм». В 1983 году откормсовхоз переименовали в совхоз «Южный».

В настоящее время деревня Нащеково расстроилась. На 1 января 2010 года проживало 707 человек.